Gegründet als eines der ersten privaten Eisenbahnverkehrsunternehmen im Jahre 1996 mit genau vier Mitarbeitern, entwickelte sich die Prignitzer Eisenbahn GmbH zu einem großen und verlässlichen Unternehmen in Berlin-Brandenburg. Von September 2004 bis Februar 2011 gehörte sie zur Arriva Deutschland GmbH, bevor diese durch ein Konsortium unter der Führung der italienischen Staatsbahn Ferrovie dello Stato erworben und in NETINERA Deutschland GmbH umbenannt wurde.
In der Prignitz gab die Prignitzer Eisenbahn zum Fahrplanwechsel am 09.Dezember 2012 zwei Strecken – von Neustadt/Dosse nach Pritzwalk (PE73) und von Pritzwalk nach Meyenburg (PE74) an die Eisenbahngesellschaft Potsdam mbH ab.
Auf der RB12 verkehrt seit 09.Dezember nur noch die DB Regio AG und befördert täglich viele Fahrgäste sicher und zuverlässig zwischen Berlin-Lichtenberg, Oranienburg, Löwenberg und Templin. Auch hier ist der Betrieb abgegeben.
Damit betreibt die Prignitzer Eisenbahn GmbH derzeit keine Strecken.
Die Prignitzer Eisenbahn hält 50 Prozent an der ODEG – Ostdeutsche Eisenbahn GmbH.
